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2026/10/06

「税務調査で診療に支障が…」を減らすために。 医療機関こそ知っておきたい「書面添付制度」

院長先生・医療法人の経営者の方へ
診療を止めずに、税務調査への備えを。
書面添付制度は、税理士が申告書を作成する過程で確認・検討した内容を、あらかじめ税務署へ伝える仕組みです。


1. 税務調査への対応、院長先生の負担になっていませんか?

医療機関にとって、税務調査は税金だけの問題ではありません。診療の合間に税理士と打合せをしたり、過去の資料を準備したり、調査当日に時間を確保したりする必要があります。院長先生や事務担当者にとっては、「本来の診療や経営に使いたい時間を取られる」ことも大きな負担です。
特にクリニックでは、院長先生が診療と経営の両方を担っているケースも多く、できるだけ税務調査への対応負担を軽くしたいところです。そこで知っていただきたいのが「書面添付制度」です。

2. 税理士が「申告書の中身」を税務署に説明する制度です

書面添付制度とは、税理士が法人税や所得税などの申告書を作成する際、どのような資料を確認し、どのような事項を検討して申告書を作成したのかなどを記載した書面を、申告書に添付する制度です。税理士法第33条の2に定められています。

医療機関では、保険診療収入だけでなく自由診療収入があったり、医療機器など高額な設備投資が発生したり、医師や家族への給与・役員報酬、交際費など、申告内容を説明するうえで確認が重要となる項目も少なくありません。こうした事項について税理士が確認した内容を適切に記載しておくことで、「なぜこの金額になっているのか」「どのような確認をして申告したのか」が税務署に伝わりやすくなります。

3. ポイント① 税務調査の前に、まず税理士が説明できる

書面添付制度の大きな特徴が「意見聴取」です。一定の要件を満たした書面添付が行われている場合、税務署が調査を行おうとするときには、原則として納税者への事前通知前に、税理士に意見を述べる機会が与えられます。そこで税務署の疑問点が解消されると、実地調査に至らない場合もあります。

【図解】税務調査までの流れの違い

区分 ステップ1 ステップ2 結果
通常の申告 税務調査の事前通知 院長先生・医療機関で対応 実地調査
書面添付あり 税理士への意見聴取 税理士が疑問点を説明 疑問点解消なら実地調査に至らない場合も



これは、診療時間を簡単には動かせない医療機関にとって、税務調査対応の時間的・心理的負担を軽減することにつながります。ただし、書面添付をすれば税務調査が必ずなくなるわけではありません。

4. ポイント② 修正申告時の加算税

意見聴取の段階で申告内容に誤りが判明し、自主的に修正申告を行った場合などには、一定の要件のもとで過少申告加算税が課されないケースがあります。

① 税理士法人アップパートナーズでは、実地調査になった場合の立会料が無料

弊社では、書面添付制度をご利用いただいているお客様について、万が一、実地調査となった場合の立会料を無料としています。税務調査の日数や調査官の人数によって立会料が変動する心配を減らし、院長先生に安心して本業へ集中していただける体制づくりを目指しています。
※書面添付には、通常の顧問料とは別に料金が発生します。詳しくは担当者へお問い合わせください。

5. おわりに 院長先生には「診療と経営」に集中していただくために

書面添付制度の目的は、単に「税務調査を避ける」ことではありません。日頃から適正な経理を行い、税理士がその内容を確認し、「この医療機関の申告書は、ここまで確認して作成しています」と税務署に伝えることに意味があります。

その結果として税務調査への不安や対応時間を減らすことができれば、院長先生やスタッフの皆様には、より診療や医院経営に集中していただけます。当法人では、書面添付制度を活用した税務調査対策にも取り組んでいます。「うちのクリニックでも利用できる?」「書面添付をすると何が変わる?」といった疑問がございましたら、ぜひ担当者までお気軽にご相談ください。

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